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在国内率先进行“飞行器总体设计”课程体系教学改革和试点，设置新的“飞行器总体设计与系统工程”课程及其课程体系的建设（目前在国内其他院校中尚未见到）。我校飞行器设计与工程本科专业教学改革成果获得国内同类专业唯一的国家教学成果奖项。
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1991年由当时的航空部组织专家研究确定由南航编写正式出版《飞机总体设计》（当时唯一的）专门统编教材，并为其他航空类高学的飞机设计专业所采用，受到当年专家组高度评价。2000年新编出版了《飞机总体设计》教材，增加了如多学科优化设计、隐身设计和等新技术内容，并配套本课程编写了国内其他院校尚没有的《现代航空工程》和《飞行器先进设计技术》本科生教材。
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本课程的特点是将飞行器总体设计与系统工程课程教学与课外大学生科技创作相结合，在国内首次创建“大学生飞机创新设计实验室”，提供了创新实践基地。在国内首次每年作为教学计划，组织本科生成立各个小组进行集体创作研制小型无人机和微型飞行器试验机的课外实践形式。不但使学生受到从设计、制作、试验、试飞、真实飞行器设计“系统性”过程训练，而且培养了他们团结协作精神和技术协调的工程能力。学生在参与这些课外活动取得一系列瞩目的成绩，近几年本课程学生获得全国大学生挑战杯赛大奖4项、其他全国性大学生航空技术大赛奖6项。
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