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学术研究课题
1. ???? 生物信息学与生物控制论，国家杰出青年基金，2007-2010
2.????? 分子生物学技术平台的建立、完善及计算系统生物学研究，973课题，2004-2009，课题负责人
3.????? 基因表达数据中的二维模式发现方法研究，自然科学基金面上项目，2006-2008，项目负责人
4.????? 基因芯片数据分析中的模式识别问题研究，自然科学基金面上项目，2003-2005，项目负责人
5.????? Bioinformatics computing based on Bayesian networks，国际合作项目，2003-2004，项目负责人
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学术论文
在2002-2007年间发表学术论文76篇，其中SCI检索论文24篇，累计影响因子达100以上，其中包括发表在Trends in Genetics、American Journal of Human Genetics、Human Molecular Genetics、BioEssays等SCI影响因子5以上重要期刊上的论文9篇，累计被SCI论文引用已有80次以上。
代表性论文:
1.?????? Jun Li, Michael Q. Zhang, Xuegong Zhang （通讯作者）, A new method for detecting human recombination hotspots and its applications to the HapMap ENCODE data, American Journal of Human Genetics, 79: 628-639, 2006. 影响因子?: 12.649
2.?????? Xuesong Lu, Xuegong Zhang（通讯作者）, The effect of GeneChip gene definitions on the microarray study of cancers, BioEssays, 28(7): 739-746, 2006. 影响因子?: 6.787
3.?????? Xuegong Zhang （通讯作者）, Xin Lu, Qian Shi, Xiu-qin Xu, Hon-chiu E Leung, Lyndsay N Harris, James D Iglehart, Alexander Miron, Jun S Liu and Wing H Wong, Recursive SVM feature selection and sample classification for mass-spectrometry and microarray data, BMC Bioinformatics, 7:197, 2006. 影响因子: 4.958
4.?????? Chenghai Xue, Fei Li, Tao He, Guoping Liu, Yanda Li, Xuegong Zhang （通讯作者）, Classification of real and pseudo microRNA precursors using local structure-sequence features and support vector machine, BMC Bioinformatics, 6: 310, 2005. 影响因子: 4.958
5.?????? Jing Zhang, Fei Li, Jun Li, Michael Q. Zhang, Xuegong Zhang （通讯作者）, Evidence and characteristics of putative human alpha recombination hotspots, Human Molecular Genetics, 13(22): 2823-2828, 2004. 影响因子: 7.764
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学术研究表彰/奖励
1.????? 国家杰出青年基金，2006年
2.????? 教育部新世纪优秀人才支持计划，2004年
3.????? 国家科技进步二等奖，2002年
4.????? 中国海洋石油总公司科技进步一等奖，2001年
5.????? 茅以升北京青年科技奖，1996年
主要课程
1. 《模式识别基础》，本科，专业课，周学时2，9届，学生总人数约1200人
2. 《统计学习理论导论》，研究生，专业课，周学时2，7届，学生总人数约200人
3. 《计算分子生物学引论》，研究生，专业课，周学时3，5届，学生总人数约80人
4. 《科学精神、道德与表达》（2007年起更名为《科学规范与表达》），研究生，基础课，周学时1，2届，学生总人数约400人
实践性教学
1.????? 指导本科生毕业环节12名
2.????? 指导硕士研究生13名
3.????? 指导博士研究生8名
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教学研究课题
1.??????? 在国内率先开展和推动关于统计学习理论和支持向量机的教学和科研，翻译出版了权威著作《统计学习理论的本质》和《统计学习理论》，在国内率先开设“统计学习理论导论”的研究生课程，并在本科生“模式识别基础”课程中引入这部分最新进展。根据《中国引文数据库》，在2000年1月《自动化学报》上发表的首篇综述“关于统计学习理论与支持向量机”已经在国内被引用745次（截止2007年5月21日），为我国该领域的科研和教学工作作出了一定贡献。
2.??????? 2001年至2002年作为高级访问学者在哈佛大学公共卫生学院生物统计系进修，回国后开设了交叉学科课程“计算分子生物学引论”。
3.??????? 2006年2-3月应邀赴哈佛大学公共卫生学院开设"机器学习方法及其在高通量生物数据中的应用"短期课程，受到对方40多名选课学生和博士后的好评。
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教学表彰/奖励
1.??? 所承担的《模式识别基础》课程被评为2006年清华大学精品课程；
2.??? 所承担的《模式识别基础》课程被评为2006年北京市精品课程；
3.??? 《模式识别基础》课程的建设与改革2006年获得清华大学教学成果二等奖（张学工，张长水）；
4.??? 《智能信息处理系列课程的改革与建设》2004年获得清华大学教学成果二等奖（张长水，张学工，张贤达等）。
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